Το Τμήμα Οδοντιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών από το 1994 έχει οργανωμένο και θεσμοθετημένο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών σύμφωνα με την υπουργική απόφαση Β7/83, η οποία δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα της Κυβερνήσεως (ΦΕΚ, Αρ. Φύλλου 260 της 12ης Απριλίου 1994).
Από το 1994 μέχρι σήμερα έχουν δημοσιευθεί πέντε επιπλέον υπουργικές αποφάσεις οι οποίες τροποποίησαν την αρχική απόφαση. Οι αποφάσεις αυτές είναι η Β7/476 (ΦΕΚ, Αρ. Φύλλου 989 της 12ης Σεπτεμβρίου 1998), η 107060/Β7 μαζί με την 92449/Β7 (ΦΕΚ, Αρ. Φύλλου 1506 της 3ης Δεκεμβρίου 2002), η 28105/Β7 (ΦΕΚ Αρ. Φύλλου 355, της 18ης Μαρτίου 2005), η 53990/Β7 (ΦΕΚ Αρ. Φύλλου 772, της 28ης Ιουνίου 2006) και η 99832/Β7 (ΦΕΚ Αρ. Φύλλου 1843, της 7ης Ιουλίου 2014), σύμφωνα με το Νόμο 3685/2008.
Ακολούθησαν Αποφάσεις της Συγκλήτου που δημοσιεύτηκαν στην εφημερίδα της Κυβερνήσεως:
Το Π.Μ.Σ. «Παθολογία και Θεραπευτική Οδοντικών και Περιοδοντικών Ιστών» απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις τρείς (3) ειδικεύσεις, της «Ενδοδοντίας – Edodontology», της «Επανορθωτικής Οδοντιατρικής – Restorative Dentistry» και της «Περιοδοντολογίας - Periodontology».
Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο Π.Μ.Σ. που οδηγεί στη λήψη Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) ορίζεται σε έξι (6) ακαδημαϊκά εξάμηνα, στα οποία περιλαμβάνεται και ο χρόνος εκπόνησης διπλωματικής εργασίας.
Ο σκοπός του ΠΜΣ «Παθολογίας και Θεραπευτικής Οδοντικών και Περιοδοντικών Ιστών» (ΦΕΚ 2433/20.6.2019), εκφραζόμενος ανά ειδίκευση, είναι: α) η εκπαίδευση οδοντιάτρων στην απόκτηση εξειδικευμένων γνώσεων και δεξιοτήτων για την αντιμετώπιση ασθενών με ενδοδοντικά προβλήματα, με βλάβες που απορρέουν από τραύμα στα δόντια, να τους εμφυσήσει την ανάγκη για συνεργασία και επικοινωνία με συναδέλφους άλλων ειδικοτήτων για την ολοκληρωμένη αντιμετώπιση των προβλημάτων των ασθενών (ειδίκευση Ενδοδοντίας),β) η παροχή προχωρημένης θεωρητικής και κλινικής γνώσης καθώς και η ανάπτυξη δεξιοτήτων και κριτικής ικανότητας στη σύγχρονη διάγνωση και διαχείριση της τερηδόνας, στην αντιμετώπιση υψηλής δυσκολίας λειτουργικών και αισθητικών προβλημάτων μεμονωμένων δοντιών καθώς και προσθετικής αποκατάστασης μικρού αριθμού ελλειπόντων δοντιών (ειδίκευση Επανορθωτικής Οδοντιατρικής) και, γ) η παροχή προχωρημένης θεωρητικής γνώσης και κλινικής εμπειρίας για την αντιμετώπιση ασθενών με περιοδοντικά και περιεμφυτευματικά προβλήματα οποιασδήποτε μορφής καθώς και ασθενών στους οποίους απαιτείται η τοποθέτηση οστεοενσωματούμενων εμφυτευμάτων (ειδίκευση Περιοδοντολογίας).
Η Πολιτική διασφάλισης Ποιότητας του Τμήµατος Οδοντιατρικής εναρμονίζεται πλήρως με την πολιτική ποιότητας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, καθιστώντας το Τμήμα Οδοντιατρικής, προσηλωμένο στην παροχή υψηλής ποιότητας ελληνόγλωσσης και ξενόγλωσσης ανώτατης εκπαίδευσης στους φοιτητές που την επιλέγουν, οργανώνοντας και υλοποιώντας Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών υψηλών ακαδημαϊκών προδιαγραφών και σηµαντικής προστιθέµενης αξίας, τόσο στην ελληνική όσο και στην αγγλική γλώσσα, στους ση µαντικότερους τοµείς και τα πεδία της επιστήμης του Τμήµατος.
Κάθε λεπτομέρεια που αφορά στη λειτουργία του ΠΜΣ «Παθολογία και Θεραπευτική Οδοντικών και Περιοδοντικών Ιστών» καθώς και γενικές πληροφορίες για τη λειτουργία των ΠΜΣ του Τμήματος Οδοντιατρικής περιγράφονται στον Οδηγό Σπουδών 2025-2026.
Η διδασκαλία των μαθημάτων, η κλινική και εργαστηριακή άσκηση καθώς και η επίβλεψη των Μεταπτυχιακών Διπλωματικών Εργασιών γίνεται από μέλη ΔΕΠ